양성자가속기설치 사업은 방폐장 유치 당시 정부가 약속했던 국책사업이었으나 많은 시비 부담으로 오랫동안 논란이 끊이지 않았다. 양성자가속기 사업은 2012년까지 국비 1836억원, 자자체 1180억원, 민간 125억원 등 총 3143억원을 투입해 경주시 건천읍에 44만㎡ 규모로 조성됐다. 정부는 2003년 국무회의에서 방사선 폐기물시설 사업과 연계해 추진하는 것으로 결정했었다. 그리고 경주가 방폐장 유치지역으로 결정되자 사업을 진행해 건천읍 화천리에 100MeV 성능의 양성자가속기를 완공했으며 2013년부터 본격 운영에 들어갔다. 그러나 완공된 양성자가속기는 당초 경주사회가 기대했던 지역경제 활성화와 양질의 일자리 창출과는 거리가 멀어 큰 실망을 주었다. 특히 부지 결정 과정에서 읍면 간에 유치 경쟁이 치열하게 벌어져 심각한 후유증을 남긴 사업이었기 때문에 아쉬움이 더욱 클 수밖에 없었다. 이 같은 상황에서 추가 추진 중인 양성자가속기 2단계 사업에 시비를 부담해야한다는 이야기가 나오면서 또다시 논란이 되고 있다. 양성자과학연구단에 따르면 2단계 사업은 2600억원을 투입해 2023년부터 2027년까지 5년간 이미 확보된 부지 약 3만2310㎡에 성능이 향상된 200MeV의 양성자가속기를 구축할 계획이다. 그러나 최근 양성자과학연구단장이 경주시의회 전체의원간담회에서 현황보고를 하면서 일부 시비부담을 언급해 시의회의 반발을 싸고 있다. 경주시는 양성자가속기 2단계 사업은 국책사업으로 전액 국비로 추진하는 것으로 되어있는 만큼 사업비 추가 부담과 관련해서는 계획된 것이 전혀 없다고 밝혔지만 양성자과학연구단장의 발언을 종합해 보면 정부 부처의 생각은 경주시, 경주시의회, 경주시민들과는 크게 다르다는 느낌을 지울 수 없다. 시의원들이 “이미 경주시가 양성자가속기 사업에 부담해야 할 사업비는 모두 투입했다. 2단계 사업부터는 국가가 해야 하는 사업이다” “정부의 책임 있는 모습이 필요하다”고 지적한 것은 당연하다. 경주시는 열악한 재정에도 불구하고 양성자가속기 사업에 1180억원이 넘는 시비를 들였다. 그러나 정작 그 파급효과는 미미했다. 양성자가속기 사업은 방폐장 유치 당시 약속했던 국책사업이다. 양성자가속기 2단계 사업이 더 이상 ‘시비만 먹은 하마’가 되어서는 안 된다.