신라왕경 핵심유적 복원·정비에 관한 특별법이 국회 문체위에서 ‘특별회계’와 ‘신라왕경 핵심유적 연구·지원 재단(법인)’ 설치 관련 조항을 삭제하고 수정 가결된데 대한 논란도 있다. 법안 원안에 명시했던 ‘신라왕경 핵심유적 복원·정비 특별회계의 설치’ 조항이 모두 삭제돼 안정적인 정부 재원 확보가 어렵게 됐다는 지적이 제기된 것. 이에 대해 김석기 국회의원은 월성복원 및 정비 등 8개 핵심 사업이 법안에 명문화되고, 추진해야 한다는 강행규정을 두고 있어 예산 확보에는 전혀 문제가 없다고 일축했다. 김 의원은 “현재 신라왕경 복원사업은 문화재청 일반회계 예산으로 진행 중에 있다”면서 “수정안 제8조에 복원·정비 사업 항목을 명확히 두어 ‘정부와 지방자치단체’는 8개 신라왕경 복원사업을 추진해야한다는 강행규정을 명시했기 때문에 문화재청의 일반회계 편성으로도 지속적이고 안정적인 예산이 확보될 것”이라고 밝혔다. 김 의원은 또 “특히 신라왕경특별법 수정안 통과 시 신라왕경 복원사업을 문화재청의 개별예산코드로 예산편성이 가능하도록 기획재정부와 협의한 사항”이라고 강조했다. ‘신라왕경 핵심유적 연구·지원 재단(법인)’ 설립 조항 삭제에 대해서는 “신규 기관설립을 원칙적으로 반대하는 정부부처의 의견과 신라만이 아닌 백제, 가야 등 고대국가에 대한 연구·지원이 통합적으로 이뤄져야 한다는 문화재청의 의견이 있었다”면서 “이에 효율적인 사업추진과 특별법 제정의 취지를 고려해 신라왕경을 포함한 고대국가의 연구재단 설립을 ‘고도보전육성법’상에 넣기로 합의했고, 개정한 이 법안도 18일 문체위 전체회의에서 신라왕경특별법과 함께 통과됐다”고 설명했다. 고도보존육성법 개정안이 향후 본회의를 통과하면 신라왕경복원을 포함한 연구재단이 설립되는 것으로, 연구지원 재단이 무산됐다는 것은 전혀 사실과 다르다는 것이다. 또 사업시행 주체가 ‘문화재청장’에서 ‘경주시장’으로 격하됐다는 지적도 나왔다.  이에 대해 김 의원은 “법안 수정안 제8조에 사업의 주체를 ‘정부와 지방자치단체’로 명확하게 명시했다”며 “문화재청장에서 경주시장으로 수정된 부분은 제6조 ‘연도별 시행계획의 수립·시행 등’ 이란 조항으로 종합계획은 문화재청장이 수립하고 이에 따른 연도별 시행계획은 경주시장이 수립하고 경주시장이 추진실적을 평가하도록 수정한 것”이라고 밝혔다. 그러면서 김 의원은 신라왕경특별법이 국회 상임위 통과와 관련해 “모처럼 찾아온 획기적 지역발전의 기회를 살리고, 경주가 천년고도로서의 위상을 되찾을 수 있도록 법안 통과에 끝까지 힘을 모을 수 있도록 당부드린다”고 덧붙였다.